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FMO研究人雌激素受体$α$与选定配体之间的相互作用能量
FMO Study of the Interaction Energy between Human Estrogen Receptor $α$ and Selected Ligands
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论文摘要
在水性培养基中进行了碎片分子轨道（FMO）计算，这使我们能够在人雌激素受体$α$α$α$配体结合域（ER）和所选的配体（L）：17 $β$ -ESTRADIOL（E2），17 $α$ -Estradiol（17 $α$ -Estradiol（17 $ -Etradiol）（17 $ -ENTIOL（17 $ -EAN），ETIOL（ER），ETRIOL（ER），ETRIOL（ER），ETRIOL（ER），ETRIOL（ER），ETRIOL（ER），ETRADIOL（e2）二乙基苯甲酸酯（DES），双酚A（BPA），双酚AF（BPAF），羟基氯（HPTE）和甲氧氯（DMDT）。这些计算是根据从分子动力学模拟获得的L-ER复合物的代表性结构进行的。 Kcal/mol中的MP2/6-31G（D）L-ER FMO相互作用能量如下： E3（-100.1）<gnt（-95.8）<e2（-88.5）<bpa（-84.7）<des（-82.6）<bpaf（-80.6）<bpaf（-80.6）<17 $α$ -e2（-78.7） 配体的中央疏水核与ER的几种Acolar氨基酸残基相互作用。 GLU 353及其524通过氢键与苯酚A形环和末端羟基化环的氢键通过氢键分别与大多数配体相互作用。在受体的结合位点发现了水分子。在我们的模型系统中，我们已经证明了配体 - 受体复合物中通常观察到的：配体和结合位点表面上组的空间和化学互补性。
Fragment molecular orbital (FMO) calculations were performed in aqueous media which allowed us to obtain the interaction energy between the human estrogen receptor $α$ ligand-binding domain (ER) and the selected ligands (L): 17$β$-estradiol (E2), 17$α$-estradiol (17$α$-E2), estriol (E3), genistein (GNT), diethylstilbestrol (DES), bisphenol A (BPA), bisphenol AF (BPAF), hydroxychlor (HPTE) and methoxychlor (DMDT). These calculations were carried out on representative structures of L-ER complexes obtained from molecular dynamics simulations. The MP2/6-31G(d) L-ER FMO interaction energy in kcal/mol is as follows: E3 (-100.1) < GNT (-95.8) < E2 (-88.5) < BPA (-84.7) < DES (-82.6) < BPAF (-80.6) < 17$α$-E2 (-78.7) < HPTE (-75.9) < DMDT (-46.3) The central hydrophobic core of the ligands interacts attractively with several apolar amino acid residues of ER. Glu 353 and His 524 interacts strongly with most ligands through a hydrogen bond with the hydroxyl group of the phenol A-ring and the terminal hydroxylated ring, respectively. Water molecules were found at the binding site of receptor. In our model systems we have demonstrated what is generally observed in ligand-receptor complexes: the steric and chemical complementarity of the groups on the ligand and binding site surfaces.
