ICS65.020.01 B 05 NY 中华人民共和国农业行业标准 NY/T2594-2016 代替NY/T2594—2014 植物品种鉴定 总则 DNA分子标记法 General guideline for identification of plant varieties using DNA markers 行业标准信息服务平台 2016-05-23发布 2016-10-01实施 中华人民共和国农业部 发布 NY/T2594—2016 目 次 前言 范围· 1 2 规范性引用文件 3 术语和定义 标准编制的基本要求 特定植物属（种）品种鉴定标准研制的具体技术要求 5 数据库构建的具体要求 结果统计与判定 附录A（规范性附录）植物品种鉴定DNA分子标记法标准的结构和主要技术内容 行业标准信息服务平台 NY/T2594—2016 前言 本标准按照GB/T1.1-—2009给出的规则起草。 本标准代替NY/T2594—2014《植物品种鉴定 DNA指纹方法 总则》。本标准与NY/T 2594一2014相比，除编辑性修改外，主要技术变化如下： 删除了“规范性引用文件”、“原理”； 一删除了“核心引物的筛选评估及等位变异的确定”、“参照品种选择原则”“电泳检测”、“数据编 码及处理”、“PCR扩增反应”； 3.8）4个术语，调整了“核心引物”（见3.6）术语； 增加了“标准编制的基本要求”（见4和附录A）； 增加了“扩展位点的选择”（见5.2.2）、“特异位点的选择”（见5.2.3）； 增加了“基因分型平台”（见5.5.2）、“位点的使用”（见5.5.3）； 增加了“数据库构建基本原则”（见6.1）； 增加了“位点统计”（见7.1)； 调整了“样品分析数量”（见5.3.2）； 调整了“判定方法”（见7.2）、“结果表述”（见7.3）。 本标准由中华人民共和国农业部种子管理局提出 本标准由全国植物新品种测试标准化技术委员会（SAC/TC277）归口。 本标准起草单位：农业部科技发展中心、北京市农林科学院玉米研究中心、全国农业技术推广服务 中心。 本标准主要起草人：王凤格、唐浩、邓超、周泽宇、韩瑞玺、易红梅、金石桥、张力科、赵久然、吕波、堵 苑苑、田红丽。 本标准的历次版本发布情况为 业标准信息服务平台 Ⅱ NY/T2594—2016 植物品种鉴定 DNA分子标记法 总则 1范围 本标准规定了植物品种鉴定DNA分子标记法标准研制的总体原则，进行鉴定的总体技术要求主 要技术内容以及技术标准的编制格式。 本标准适用于植物品种鉴定DNA分子标记法技术标准的建立。在编制特定植物属（种）品种鉴定 DNA分子标记法标准时，应遵循总则提出的原则和要求，同时结合该植物属（种）的特殊性，形成适合该 植物属（种）品种鉴定DNA分子标记法的标准。 2规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文 件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。 GB/T1.1标准化工作导则第1部分：标准的结构和编写 3术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 3. 1 DNA分子标记DNAmarker 以个体间遗传物质核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接反映。 3.2 简单重复序列simplesequencerepeat（SSR） 基因组中由2个及以上核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA序列。 3. 3 单核苷酸多态性singlenucleotidepolymorphism（SNP） 基因组中由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性 3.4 插入缺失多态性insertion-deletionpoiymorphism（IDP） 基因组中由核苷酸插人或缺失引起的DNA序列多态性 息服务平 3.5 位点locus 染色体上一个基因或者标记的位置。 3.6 核心位点corelocus DNA分子标记法鉴定品种时优先选用的一组位点，具有多态性高、重复性好、分布均匀的特点，统 一用于品种DNA分子标记数据采集和品种鉴定的位点。 3.7 扩展位点extendedlocus DNA分子标记法鉴定品种时备选的一组位点，具有重复性好、分布均匀的特点。 3.8 NY/T2594—2016 特异位点specificlocus 针对某一特定品种DNA分子标记鉴定而提供的，除核心位点和扩展位点之外的能够将该品种与 其他品种区分开的位点。 3. 9 参照样品referencesample 代表核心位点主要等位变异的一组样品。用于辅助确定待测样品在某个位点上等位变异扩增片段 的大小，校正仪器设备的系统误差。 4标准编制的基本要求 4.1 标准化对象的确定 如果柜物B止种之间的差异较小 以植物属或种为基本单位分类制定。 则以整个属作为基本 种间的差 差异极为明显，可考 虑以亚种作为基本单位 4.2标准的命名 在制定标准时， STA 名方式 （X植物属（种）名称品种鉴 应采 DNA分子标记类 型）分子标记法” 4.3标准的构成 标准采用统 符合（ /T1.1要求的编写格式 的 见附录A 4.4标准的验证 A 依据总则制定白 （种）品种鉴定标准正式实施前，应 开制单位以外 个从事品种鉴 定的检验检测机构 的验证 5 特定植物属（种） 品种鉴 准研制的具体技术要求 5.1 标记类型的基本条件 选择DNA 选择DNA分子 订话： a) 标记多态性 b) 实验重复性 c) 数据易于标准 (P 标记位点分布情况 e) 技术成熟。 基于上述原则，主要推荐SSR，SNP、IDP 布各植物 种品种鉴定的DNA分子 标记类型。根据不同植物属（种）的发展情况，也可以选择使用其他标） 服务平台 5.2选择DNA分子标记位点的基本原则 5.2.1核心位点的选择 核心位点的选择基本原则： a) 多态性高； b) 数据易于统计； c) 重复性好； (P 不同平台兼容性好； e) 染色体分布情况清楚； f) 在基因组上均匀分布； g) 避免选择零等位变异。 2 NY/T2594—2016 依据检测的速度和成本、不同植物属（种）的品种数量及品种间差异情况、染色体数目及基因组大 小、位点多态性水平，兼顾不同标记技术和不同检测平台的位点通量特点，确定合适的位点数量，并能够 区分该植物属（种）95%以上的已知品种。 5.2.2扩展位点的选择 扩展位点选择的基本原则同核心位点。扩展位点选择侧重染色体均匀分布，与核心位点一起使用 时应能够区分该植物属（种）99%以上的已知品种。 5.2.3特异位点的选择 当利用核心位点、扩展位点对某 别时，根据需要，可继续在核心位点和扩展位点 之外选择能够鉴别该品种的特异位点。特异位点可由品种拥有 人提供，并满足用于区别其他品种的 要求。 5.3样品准备 5.3.1样品类型 种子、幼苗、 5.3.2样品分析数量 待测样品在满足取样有 代表性的前 快于品利 式、遗传完整性和遗传多 样性。 基因分型结果受检测平台影响时须来用参照样品确定待测样品等位 5.5检测程序 5. 5. 1 DNA 提取方 对特定植物属（种）可以 供儿种常用DNA提取方法，提取的DNA应 工 5.5.2基因分型平台 CENT 构建数据库 c）技术方 适用于SSR 型平 础，与电泳、测序、荧光 扫描、质谱等方法组 5.5.3位点的使用 首先，使用核心位 点进行检测·如不 有效 采用扩展代 检测；如仍不能有效区分，必 要时采用特异位点检测 6数据库构建的具体要求 6.1基本原则 数据库应具有兼容性，不同类型DNA分子标记数据库能整合成一个复合数据库。 6.2数据库基本信息 数据库基本信息应包括植物属（种）、品种及类型、分子标记类型、位点、标记和等位变异6个最核心 的部分。 a) 植物属（种）：样品所属植物学名称或常用名，如玉米、水稻等； b）品种及类型：样品的品种名称或编号。必要时可进一步细分品种类型（如玉米可细分为自交 系/杂交种；水稻可细分为常规品种/杂交种等）； c) 分子标记类型：鉴定所用的标记类型，如SSR、SNP、IDP等； 3 NY/T2594—2016 依据检测的速度和成本、不同植物属（种）的品种数量及品种间差异情况、染色体数目及基因组大 小、位点多态性水平，兼顾不同标记技术和不同检测平台的位点通量特点，确定合适的位点数量，并能够 区分该植物属（种）95%以上的已知品种。 5.2.2扩展位点的选择 扩展位点选择的基本原则同核心位点。扩展位点选择侧重染色体均匀分布，与核心位点一起使用 时应能够区分该植物属（种）99%以上的已知品种。 5.2.3特异位点的选择 当利用核心位点、扩展位点对某 别时，根据需要，可继续在核心位点和扩展位点 之外选择能够鉴别该品种的特异位点。特异位点可由品种拥有 人提供，并满足用于区别其他品种的 要求。 5.3样品准备 5.3.1样品类型 种子、幼苗、 5.3.2样品分析数量 待测样品在满足取样有 代表性的前 快于品利 式、遗传完整性和遗传多 样性。 基因分型结果受检测平台影响时须来用参照样品确定待测样品等位 5.5检测程序 5. 5. 1 DNA 提取方 对特定植物属（种）可以 供儿种常用DNA提取方法，提取的DNA应 工 5.5.2基因分型平台 CENT 构建数据库 c）技术方 适用于SSR 型平 础，与电泳、测序、荧光 扫描、质谱等方法组 5.5.3位点的使用 首先，使用核心位 点进行检测·如不 有效 采用扩展代 检测；如仍不能有效区分，必 要时采用特异位点检测 6数据库构建的具体要求 6.1基本原则 数据库应具有兼容性